Водени љиљани имају раширене коренике и коријење који сидре биљку дубоко у блату мирне, свјеже површинске воде. Корени заузимају храњиве материје, као и мале резерве воде. Не морају да узимају велике резерве воде пошто је биљка потопљена; Доња страна лишћа такође може да заузме воду.
Водени љиљани имају коријене у свом ширеном коријеновом систему.Харди Ватер Лили
Отпорни љиљаниКада стабљика, лишће и цвеће тврдоглавог љиљана погоде мраз и умре, корен остаје сигурно усидрен под водом, где температура не иде испод смрзавања. Биљка се поново појављује изнова из корена сваког пролећа, под условом да се цео базен воде не смрзне.
Тропицал Ватер Лили
Тропски водени љиљанМразови могу убити читав тропски локван, укључујући и коријење. Корени морају бити прекривени са најмање стопала мирне, свеже воде. Неки тропски љиљани производе гомоље у близини круне који се могу сакупљати и садити за нове водене љиљане.
Природа ризома
Коријене су заправо подземна стабљика, која се првенствено користе за складиштење. Коријени воденог љиљана чувају угљикохидрате и протеине током периода успавања, посебно зими. У пролеће ризоми ослобађају аминокиселине и угљене хидрате да би подржали брзи раст изданака све док нема довољно лишћа да преузме производњу хране.
