Загађење у било којем облику има негативне утицаје на животну средину и биљке које у њој бораве. Загађење има много извора, од директног испуштања отпадног уља у водене путеве до загађења ваздуха из аутомобилских издувних гасова. Неки ефекти су краткотрајни и лако се ублажавају. Остали ефекти су дугорочни, при чему загађивачи остају у околини или се накупљају у биљном ткиву. Фотосинтеза је суштински процес у оквиру екосистема. Користећи сунчеву светлост, угљен диоксид и воду, биљке производе храну и енергију у хемијском процесу који се дешава у лишћу биљке.
Загађивање може смањити способност биљке да подвргне фотосинтези.Озон и лишће
Размена гаса кроз поре или стомаке листова обезбеђује потребан угљен диоксид за фотосинтезу. Међутим, истраживање из 1980. године објављено у часопису Целлулар анд Молецулар Лифе Сциенцес открило је да загађење ваздуха смањује величину стомака, ометајући размену гасова. Недовољно угљен диоксида може успорити или зауставити фотосинтезу. Томе у прилог иде и студија из 2004. године која је утврдила да загађење ваздуха смањује приносе усева.
Загађење извора без тачке
Загађивање које није изворишно је загађење које долази из различитих извора и улази у околину кроз површинске воде. Према америчкој Агенцији за заштиту животне средине (ЕПА), одток у пољопривреди је примарни извор ове врсте загађења. Отпад уноси пестициде и ђубрива у водене путеве. Понекад је ефекат непосредан и биљке брзо умиру. Високи ниво фосфора у гнојивима може изазвати цватњу алги. Цвјетање алги успоставља сценариј у којем се фотосинтеза успорава и коначно зауставља јер пад нивоа раствореног кисеоника у води и мутне воде омета проток сунчеве светлости у водене средине.
Загађење земљишта
Загађење тла утиче на фотосинтезу на нивоу коријена. Кисела киша узрокована емисијом фосилних горива повећава киселост тла што узрокује настајање хемикалија стварајући токсичне јоне алуминијума. Ови јони спречавају способност биљке да узима храњиве материје, успоравајући тако процес фотосинтезе и укупни раст биљке.
Ефекат стаклене баште
Приземни озон створен ефектом стаклене баште може створити неповољне услове за фотосинтезу. Концентрације гасова са ефектом стаклене баште, као што је угљен диоксид, спречавају ослобађање зрачења из околине. Површинске температуре расту, повећавајући брзину испаравања. Вода постаје ограничавајући фактор. Да би сачувале драгоцене ресурсе, биљке ће затворити своје стомаке, смањујући тако расположивост угљен-диоксида у биљци. Са ограниченим угљен-диоксидом и водом, фотосинтеза се успорава.
Физичко оштећење
Загађење може да омета способност биљке да подвргне фотосинтезу физичким оштећењем лишћа тамо где се појављује. Озон изазива стање звано хлороза, при којем лишће биљке пожуте од недовољног нивоа хлорофила. Хлорофил је важан за појаву фотосинтезе. Ако ниво падне, такође ће се десити и фотосинтеза. У високим концентрацијама загађење може уништити биљне структуре што ће узроковати да биљке престану производити храну како би се могле носити са стресима из окружења.
