У пустињи се налазе разне гљивице. Неке колоније пустињских гљивица могу живети милионима година продужењем процеса развоја. Други стварају симбиотске везе са другим организмима како би се осигурао опстанак. Пустињске гљивице могу мирити у пустињском тлу док их не узнемире, а затим нападају токсичне споре које узрокују озбиљне болести. Неке врсте пустињских гљивица могу осликати пустињска платна јабучицама јарких боја.
У пустињи су домови различитих врста гљивица.Лицхенс
Лишаји, познати као "пионирске биљке", су сићушни организми који могу издржати грубе, топле и хладне средине и суше. Тело лишаја, или таласа, састоји се од алги и гљивица које заједно расту у симбиотском односу. Ћелије алге пружају храњиве материје гљивицама, а гљива штити алге од атмосферских услова.
Лишајеви могу расти на необичним површинама као што су песак, камење, тло, животињске кости и захрђали метал. Лишајеви расту у низу боја попут нијанси црвене, наранџасте, жуте, зелене и браон. На једном громаду може нарасти више десетина врста гљива.
Познато је око 15 000 врста лишајева. Одређени лишајеви, попут крстених лишајева (гнојна гљива), могу да живе стотинама или хиљадама година због спорог раста. На стијенама се могу развити и крстолики лишајеви. Одређени лишајеви су угрожени јер контаминирани ваздух и кишница могу уништити ћелије алге, убивши партнера гљивице.
Мицоррхизае
Микоризе су гљивични биљни системи који развијају симбиотички однос са коренима биљке. Корени дају потребна храњива и место гљивицама да привежу своје нити. Гљивице штите биљку од напада попут патогена, а њихове нити дјелују као коријенски систем како би биљка добила додатну воду и храњиве састојке. Једном када се веза развије, биљка може зависити од Мицоррхизае када јој се хранљиве материје укину.
Микоризе су подељене у две врсте - ектомикоризе и ендомикоризе. Ектомикориза ствара облог око корена биљке. Прекривач расте хифама (састојцима тела гљиве) у коријење, затим у тло. Нитке ендометоризе расту у ћелије, а затим у тло. Гљива побољшава отпорност на сушу, имунитет на болести и унос хранљивих састојака за биљку домаћина.
Гљиве
Подакис, или пустињска мутна грива, је Соноранска пустиња и остале пустиње широм света. Подакис је сродан породицом гљива Агарицацеае. Гљива подсећа на бућицу; дрвенаст је и влакнаст. Плодно тело Подакиса извире из пустињских тла, пешчаних тла и путева после кишних сезона. Међутим, ако не дође киша, плодно тело се неће појавити. Пилеус (капица) остаје затворен током процеса развоја како би заштитио плодно ткиво, шкрге и двослојне споре од пресушивања.
Цоццидиоидес
Род Цоццидиоидес је гљива из земље која се састоји од две врсте - Цоццидиоидес иммитис и Цоццидиоидес посадасии. Обе врсте се налазе у пустињским тлима Северне и Јужне Америке. Свака врста ствара хифе и споре у тлу. Када тло које садржи споре постане узнемирено од људи или од природних напада као што су олујне прашине, споре се преносе у ваздух. Удисање спора може изазвати незаразну гљивичну инфекцију која се зове кокцидиодомикоза или долинска грозница. У ретким случајевима, ако се удишу небројене споре из било које врсте, то може бити фатално.
